不少人習慣用咖啡來「提神」增加專注力，因咖啡含有咖啡因（Caffeine）成份，是中樞神經的興奮劑。咖啡因促進分泌神經傳導物質多巴胺，也可抑制神經傳導物質「腺苷」（Adenosine），阻止腺苷誘發想睡的功能，達到醒神作用。不過，人體受咖啡因影響的時間約5小時，當咖啡因濃度逐漸下降時，也會令人感到疲勞。
此外，咖啡因有促進腸道蠕動（通便）作用。
咖啡因和不含咖啡因（decaf）的咖啡，都會刺激胃泌素（gastrin）產生；而胃泌素是一種激素，可令胃釋放更多鹽酸和消化酶，便胃加劇收縮，放鬆小腸與大腸之間的「閘門」和胃與小腸之間的括約肌等，從而促進消化，因此飲用咖啡有助排便。
早於1998 年一項研究分別測試了咖啡、無咖啡因咖啡、水或進食1,000卡路里的食物對排便的影響。研究結果發現，咖啡因令咖啡發揮通便作用，與1,000 卡路里的膳食同樣能刺激結腸活動；而不含咖啡因的咖啡則較遜色，但仍比水更能刺激通便。在 2008 年的研究中，10 名測試者飲用水或溶解在水中的咖啡因粉末，並通過測壓法來測量肛門直腸功能。研究人員發現，攝入咖啡因會導致肛門括約肌更強烈地收縮，並增加排便的慾望。
咖啡因是一種胃腸興奮劑，而咖啡的酸性也可以刺激腸道，兩者可以加速蠕動（使食物通過消化道的肌肉收縮），因而加快了腸道的運輸速度。然而，咖啡因的敏感度因人而異，國際胃腸道疾病基金會指出，每天飲多過3杯咖啡或茶，容易招致腹瀉症狀，如飲用過量則可能引起如頭痛、煩躁、睡眠障礙等不適，宜適可而止。
咖啡飲用Tips:
- 喝咖啡後感到胃部不適人士，減少攝取咖啡因，飲用半咖啡因（half caffeine）或不含咖啡因（Decaf）的咖啡或者比較理想。
- 深（棕色）烘焙咖啡，比中度烘焙所刺激的胃酸分泌較少
- 綜合歐美飲食建議，咖啡每日攝取量建議以400 毫克（約4杯）為限。另外，孕婦每天攝取量不應超過 200 毫克。
相關醫學文獻：
Lohsiriwat, S., Kongmuang, P., & Leelakusolvong, S. (2008). Effects of caffeine on anorectal manometric findings. https://doi.org/10.1007/s10350-008-9271-y
Rubach, M., Lang, R., Bytof, G., Stiebitz, H., Lantz, I., Hofmann, T., & Somoza, V. (2014). A dark brown roast coffee blend is less effective at stimulating gastric acid secretion in healthy volunteers compared to a medium roast market blend. Molecular nutrition & food research, 58(6), 1370–1373. https://doi.org/10.1002/mnfr.201300890
